ทั้งนี้จะมีการเรียกเก็บในอัตรา 376 บาท เมื่อเริ่มเปิดดำเนินการ และให้ กทท. สามารถปรับอัตราค่าภาระในการยกตู้สินค้าได้ ภายในกรอบอัตราค่าภาระขั้นต่ำ - ขั้นสูงที่ขอความเห็นชอบไว้ ซึ่งครม. มีมติเมื่อวันที่ 22 กันยายน 2558 อนุมัติในหลักการให้กระทรวงคมนาคมดำเนินโครงการพัฒนาศูนย์การขนส่งตู้สินค้าทางรถไฟที่ท่าเรือแหลมฉบัง โดย กทท. เป็นผู้ลงทุนโครงสร้างพื้นฐานและเครื่องมือยกขนหลักทั้งหมด รวมถึงการบริหารและการประกอบการ โดยใช้งบประมาณลงทุนของ กทท. วงเงินรวม 2,944.93 ล้านบาท ขณะนี้อยู่ระหว่างการก่อสร้าง คาดว่าจะสามารถเปิดให้บริการเชิงพาณิชย์อย่างเป็นทางการได้ภายในเดือนกรกฎาคม 2561 ซึ่ง กทท. มีความจำเป็นต้องกำหนดอัตราค่าภาระที่เหมาะสมและสอดคล้องกับแผนการดำเนินงานโครงการฯ อย่างไรก็ตามอัตราดังกล่าว เป็นการปรับเพิ่มจากเดิมที่เอกชนคิดราคาอยู่ที่ 315 บาทต่อตู้คอนเทนเนอร์ ซึ่ง กทท.ได้ร่วมประชุมกับผู้ใช้บริการแล้ว ซึ่งไม่มีผู้ประกอบการายใดคัดค้าน โดยส่วนอัตราที่สูงขึ้นนี้ กทท. ชี้แจงว่าเป็นการปรับขึ้นเพื่อในอนาคตอาจมีการปรับต้นทุนต่างๆ ขึ้น เช่น ค่าแรง ค่าน้ำมัน โดยจะได้มีช่องทางสำหรับปรับขึ้นได้ แต่ถึงอย่างไรก็ต้องผ่านคณะกรรมการพิจารณาอีกครั้งก่อน สำหรับการดำเนินการดังกล่าวเป็นไปตามนโยบายของรัฐบาลที่ต้องการส่งเสริมให้มีการขนส่งสินค้าทางรางมากขึ้น ซึ่งช่วยลดต้นทุนค่าใช้จ่าย และลดมลพิษได้มากกว่าการขนส่งทางรถบรรทุก