นอกจากนี้ยังต้องดำเนินโครงการต่าง ๆอีก 10 โครงการด้วยกันเพื่อจัดการปัญหาน้ำเสีย และปรับปรุงสภาพพื้นที่แนวคลองแสนแสบอย่างครอบคลุมทั้งหมด อาทิการฟื้นฟูสภาพน้ำคลองแสนแสบ ก่อสร้างระบบรวบรวมน้ำเสียบริเวณถนนวิทยุถึงคลองตัน เพื่อส่งเข้าบำบัดที่โรงบำบัดน้ำเสียดินแดงก่อนปล่อยลงสู่คลอง การก่อสร้างเขื่อนพร้อมระบบรวบรวมน้ำเสียคลองแสนแสบ โครงการทั้งหมดจะใช้งบประมาณทั้งสิ้น 6,871ล้านบาท

          อย่างไรก็ตามด้วยงบประมาณที่มีจำนวนมาก ทำให้กทม.ต้องนำเสนอโครงการในการพัฒนาคลองแสนแสบที่สามารถดำเนินการได้ในเบื้องต้นก่อน นั่นคือการพัฒนาสภาพน้ำให้มีความใสสะอาด ไร้กลิ่นเหม็นและมีคุณภาพที่ดีมากยิ่งขึ้น ทั้งนี้จากการสำรวจคลองแสนแสบจุดที่มีคุณภาพน้ำสกปรกมากที่สุดและน้ำส่งกลิ่นเหม็นคือคลองแสนแสบช่วงรามคำแหง-คลองตัน ซึ่งบริเวณดังกล่าวจะเป็นพื้นที่ที่มีบ้านเรือนประชาชนอาศัยริมคลองหนาแน่น มีการปล่อยน้ำเสียลงสู่คลอง ดังนั้นกทม.จึงจะขอจัดสรรงบประมาณจากรัฐบาลจำนวน 1,600 ล้านบาท ในการปรับปรุงคุณภาพน้ำบริเวณดังกล่าว

          นอกจากนี้กทม.จะดำเนินการก่อสร้างเขื่อนป้องกันน้ำถาวร 2 จุด โดยจุดแรกตั้งแต่ช่วงวัดบำเพ็ญเหนือ-ประตูระบายน้ำมีนบุรี ซึ่งเป็นจุดที่เคยสร้างผลกระทบให้ประชาชนจากปัญหาน้ำกัดเซาะจากการเดินเรือส่วนต่อขยาย กทม.จึงได้หยุดเดินเรือเพื่อก่อสร้างเขื่อนถาวร ขณะนี้อยู่ระหว่างการก่อสร้าง ดำเนินการมาแล้วตั้งแต่ปี 57 ความยาวประมาณ 5 กิโลเมตร โดยสร้างทั้งสองฝั่งรวม10.7กิโลเมตร ต้องใช้งบประมาณ 519 ล้านบาท กำหนดแล้วเสร็จประมาณเดือนสิงหาคมปี 61 เมื่อก่อสร้างเขื่อนถาวรเสร็จสิ้น กทม.ก็จะเริ่มดำเนินการเดินเรือแสนแสบส่วนต่อขยายบริการประชาชนอีกครั้ง และบริเวณช่วงประตูระบายน้ำหนองจอกถึงสุดเขตกทม.ความยาวรวมทั้งสองฝั่ง 20 กิโลเมตร จะก่อสร้างเป็นเขื่อนถาวรป้องกันน้ำท่วมเช่นกัน โดยจะขอจัดสรรงบประมาณจากรัฐบาล จำนวน 749 ล้านคาดว่าจะเริ่มก่อสร้างได้ในกลางปี 59 นี้ และใช้ระยะเวลาในการก่อสร้างประมาณ 4 ปี เมื่อแล้วเสร็จจะช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการป้องกันน้ำท่วมและเพิ่มทางเลือกในการเดินทางให้กับประชาชน และช่วยทำให้คลองแสนแสบเกิดการพัฒนามากยิ่งขึ้นต่อไป