ประวัติความเป็นของวัดพระยาทำนั้น เดิมชื่อ วัดนาค คู่กับ วัดกลาง ซึ่งตั้งอยู่คนละฝั่งคลองมอญ คือ วัดนาคอยู่ฝั่งเหนือ วัดกลางอยู่ฝั่งใต้ ต่อมาวัดนาค รวมกับวัดกลางเป็น วัดนาคกลาง ดังที่ปรากฏ และวัดทั้งสองนี้ต่างก็เป็นวัดโบราณ สันนิษฐานกันว่า วัดนาคสร้างในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย แต่ยังไม่พบหลักฐานทางเอกสารว่าใครเป็นผู้สร้าง และสร้างในรัชกาลใด

มาในสมัยกรุงธนบุรี มีเรื่องเกี่ยวข้องกับวัดนาคปรากฏในพระราชพงศาวดารว่า เมื่อราว พ.ศ. ๒๓๑๓ พระเจ้ากรุงธนบุรีเสด็จไปทรงปราบก๊กพระฝาง (เรือน) ที่ตั้งตัวเป็นใหญ่ในฝ่ายเหนือได้สำเร็จ และรับสั่งให้จับพระสงฆ์ฝ่ายเหนือที่ร่วมกับพระฝางทำความเดือดร้อนแก่ประชาชนทั้งหลายมาลงพระราชอาญาตามโทษานุโทษ

และโปรดให้สังฆการีลงมาอาราธนาพระราชาคณะและพระสงฆ์อันดับจากกรุงธนบุรีขึ้นไปบวชพระสงฆ์ไว้ในหัวเมืองเหนือทุกๆ เมือง และโปรดให้พระราชาคณะอยู่สั่งสอนพระธรรมวินัยในเมืองต่างๆ หนึ่งในนั้น มีพระรูปหนึ่งนาม “พระธรรมเจดีย์” ซึ่งจำพรรษายัง เมืองพิษณุโลก

พระธรรมเจดีย์ที่พระเจ้ากรุงธนบุรีโปรดให้ไปจัดการคณะสงฆ์ที่เมืองพิษณุโลกนั้น เป็นอดีตเจ้าอาวาสวัดนาค มาก่อน ต่อมาทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ เลื่อนสมณศักดิ์เป็น พระพิมลธรรม และโปรดให้ไปครองวัดโพธาราม (วัดพระเชตุพนวิมลมังคลาราม หรือวัดโพธิ์ในปัจจุบัน) ๒ ข้อนี้แสดงว่า มีวัดนาคอยู่ก่อนสมัยกรุงธนบุรีแน่นอน

ในต้นรัชกาลที่ ๑ แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ เคยมีเรื่องให้รวมวัดนาคกับวัดกลางเข้าด้วยกัน คือ ให้มีพัทธสีมาเดียวกัน ดังความปรากฏในพระราชพงศาวดารตอนหนึ่งว่า พระพุฒาจารย์ (อยู่) ๓ วัดบางหว้าใหญ่ (วัดระฆังโฆสิตาราม) ปรึกษากับพระธรรมธีรราชมหามุนี (ชื่น) ๔ วัดหงส์รัตนารามแล้วนำความขึ้นถวายพระพรพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชว่า

“วัดนาคกับวัดกลาง ใกล้กันนัก จะมีพัทธสีมาต่างกันมิควร ควรจะมีพัทธสีมาเดียวกัน ร่วมกระทำอุโบสถสังฆกรรมในพัทธสีมาเดียวกัน” พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช มีพระราชดำรัสให้พระราชาคณะประชุมกันพิจารณาวินิจฉัยเรื่องนี้ ในที่สุดที่ประชุมพระราชาคณะอันมีสมเด็จพระสังฆราช(ศรี) เป็นประธาน มีมติเป็นเอกฉันท์ว่า วัดทั้งสองนี้มีคลองคั่นเป็นเขตอยู่ ควรมีพัทธสีมาต่างกันได้ ดังตัวอย่างมีเคยมีมาในครั้งกรุงเก่า ปรากฏว่ามตินี้ ทำให้พระพุฒาจารย์ (อยู่) ถูกลงพระราชอาญาโดยให้ถอดสมณศักดิ์ ฐานเจรจาอวดรู้กว่าผู้ใหญ่

ต่อมา ในสมัยในรัชการที่ ๒ แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยทรงสนพระราชหฤทัยอย่างยิ่งในการทำนุบำรุงพระพุทธศาสนา เช่น ทรงบูรณปฏิสังขรณ์วัดหลายสิบวัด และโปรดให้พระบรมวงศานุวงศ์ตลอดจนข้าราชการผู้ใหญ่ช่วยรับภาระบูรณปฏิสังขรณ์วัดต่างๆ ด้วย ในการนี้ เจ้าพระยารัตนาธิเบศร์ (กุน) สมุหนายก มีจิตศรัทธารับบูรณปฏิสังขรณ์วัดนาค แบบสร้างขึ้นใหม่ทั้งหมดทับลงในที่เดิม ครั้นเสร็จแล้วได้น้อมเกล้า ฯ ถวายพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย วัดนาคจึงได้เป็นพระอารามหลวง และมีนามใหม่ว่าวัดพระยาทำ หมายถึง วัดที่เจ้าพระยารัตนาธิเบศร์สร้างขึ้นใหม่

และต่อมา ในต่อมาในรัชการที่ ๓ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงมีพระราชศรัทธาปฏิสังขรณ์เพิ่มเติมทั้งวัดอีกครั้งหนึ่ง จนมีสภาพถาวรมั่นคงมาถึงรัชการที่ ๕ พระอุโบสถ และเสนาสนะต่างๆ เริ่มชำรุดทรุดโทรมลง พระครูสุนทรากษรวิจิตร (แจ้ง) เจ้าอาวาสร่วมกับอุบาสกอุบาสิกาบูรณปฏิสังขรณ์ใหญ่อีกครั้งหนึ่ง ต่อจากนั้นก็มีการบูรณะสิ่งปลูกสร้างที่ชำรุดเรื่อยมาจนถึงปัจจุบัน

สื่งที่สะท้อนถึงความเก่าแก่แห่งธรรมสถานแห่งนี้คือ ธรรมาสน์เก่าแก่บนศาลาการเปรียญ กำหนดอายุไว้ว่าน่าเป็นวัดที่สร้างราวสมัยอยุธยาตอนปลายในรัชกาลของสมเด็จพระนารายณ์มหาราช โดยพิจารณาจากส่วนประกอบลวดลายต่างๆ ในสมัยรัชกาลที่ 3 ทรงมีพระราชศรัทธาปฏิสังขรณ์เพิ่มเติมทั้งวัดอีกครั้งจนถาวรมั่นคง ครั้นถึงสมัยรัชกาลที่ 5 เสนาสนะเริ่มชำรุดทรุดโทรมมาก พระครูสุนทรากษรวิจิตร (แจ้ง) ได้บูรณะ ปฏิสังขรณ์ใหญ่อีกครั้งหนึ่ง ต่อจากนั้นมีการบูรณะสิ่งปลูกสร้างที่ชำรุดเรื่อยมา จนกระทั่งปัจจุบันได้ชำรุดทรุดโทรมมาก กรมศิลปากร จึงพิจารณาให้บูรณะอีกครั้ง

สำหรับประวัติของหอระฆังนี้ มีบันทึกหลักฐานปรากฏตั้งแต่สมัยรัชกาลที่ 3 แต่ชาวบ้านในพื้นที่คาดว่าอาจถูกสร้างมาก่อนสมัยกรุงธนบุรี โดยเป็นสถาปัตยกรรมก่ออิฐถือปูน ตกแต่งด้วยถ้วยกระเบื้องจีนมีรูปปั้นประติมากรรมเป็นยักษ์ 4 ตน ยืนอยู่ด้านละ 1 ตน เหมือนคอยเฝ้ารักษาหอระฆัง ชาวบ้านจึงนิยมเรียกกันว่า “เจดีย์ยักษ์” หรือ “กุฏิยักษ์”

เจดีย์วัดพระยาทำถล่มฝังร่างคนงานตาย1