จากกรณีต้นศรีมหาโพธิ์ขนาดใหญ่อายุ 60 ปี บริเวณจุดชมวิวด้านทิศตะวันออกด้านข้างป้ายแสดงประวัติ บนเขาช่องกระจก ตรงข้ามศาลากลางจังหวัด ในเขตเทศบาลเมืองประจวบคีรีขันธ์ มีร่องรอยถูกตัดโค่นสภาพเหลือแต่ตอ ทำให้ถูกวิพากษ์วิจารณ์อย่างหนัก ภายหลังตรวจสอบพบว่าต้นศรีมหาโพธิ์ดังกล่าว พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลเดช บรมนาถบพิตร ในหลวงรัชกาลที่ 9 ทรงประกอบพิธีบรรจุพระบรมสารีริกธาตุไว้ในสถูปเจดีย์ด้านทิศเหนือ และทรงปลูกต้นศรีมหาโพธิ์เมื่อคราวเสด็จพระราชดำเนินขึ้นเขาช่องกระจก เมื่อวันที่ 12 มิถุนายน 2501   เมื่อเวลา 16.00 น. วันที่ 29 สิงหาคม พระราชสุทธิโมลี เจ้าอาวาสวัดธรรมิการาม พระอารามหลวง เจ้าคณะจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ ฝ่ายธรรมยุติ พร้อมด้วยนายพงษ์พันธ์ วิเชียรสมุทร รองผู้ว่าราชการจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ นายวิวัฒน์ วันกุมภา ผู้อำนวยการสำนักงานพุทธศาสนาจังหวัด ( พ.ศ.) นายนิทัศน์ จันทร์ทอง ผู้อำนวยการส่วนทรัพยากรธรรมชาติ สำนักงานทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมจังหวัด นางขนิษฐา จันทโชติ หัวหน้าสถานีวนวัฒนวิจัย กรมป่าไม้ เดินทางไปตรวจสอบสภาพซากต้นศรีมหาโพธิ์บนเขาช่องกระจก หลังจากมีการขุดตอไม้ทำให้ประชาชนจำนวนมากที่ทราบข่าวแสดงความไม่พอใจการกระทำดังกล่าว   จากนั้นทุกฝ่ายได้ประชุมเพื่อหาแนวทางแก้ไขเร่งด่วนเพื่อป้องกันปัญหาบานปลาย โดยพระราชสุทธิโมลี ระบุว่าได้ขุดตอต้นศรีมหาโพธิ์ เมื่อวันที่ 6 สิงหาคม ที่ผ่านมา ยืนยันว่าต้นไม้ดังกล่าวยืนต้นตายนานหลายเดือนและไม่ทราบว่าต้องแจ้งหน่วยงานใดเพื่อช่วยเหลือฟื้นฟูสภาพ ยอมรับว่าวัดไม่มีเจตนาจะทำลาย แต่ต้องการนำต้นเก่าออกเพื่อเอาต้นใหม่มาปลูกทดแทน และหลังจากนี้ต้องให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้องร่วมพิจารณาตัดสินใจร่วมกันดูแล เพราะเป็นเรื่องละเอียดอ่อนกระทบกับความรู้สึกของประชาชนจำนวนมาก   ทำให้ที่ประชุมมีความเห็นว่าควรนำตอไม้กลับไปปลูกในจุดเดิม ขณะที่นักวิชาการจากกรมป่าไม้ชี้แจงว่าจากการตรวจสอบเบื้องต้น สามารถนำส่วนรากที่กระจายในดินไปทำการอนุบาลเพื่อให้แตกยอดได้อีก แต่ต้องใช้เวลาพอสมควร ส่วนตอไม้ที่มีรากบางส่วน เมื่อนำลงดินในจุดเดิมแล้วจะใช้กระสอบป่านชุบน้ำห่อหุ้มตลอดเวลาเพื่อให้เกิดความความชุ่มชื้น พร้อมนำดินผสมปุ๋ยสูตรพิเศษที่มีฮอร์โมนเร่งการเจริญเติบโตของรากลงไปคลุกบริเวณก้นหลุม พร้อมใช้ยาป้องกันเชื้อราทาเพื่อป้องกันรากเน่า โดยมีนักวิชาการผู้เชี่ยวชาญจากกรมป่าไม้ร่วมดูแลอย่างใกล้ชิด เชื่อว่าอาจทำให้ต้นไม้ดังกล่าวฟื้นฟูสภาพในระดับหนึ่ง   ผู้สื่อข่าวรายงานว่า หลังจากเจ้าหน้าที่ร่วมกันยกตอต้นศรีมหาโพธิ์ลงไปในหลุมจุดเดิมด้านหลังป้ายแสดงประวัติที่มีพระนามาภิไธยย่อ ภปร.และ สก. พระราชสุทธิโมลี เป็นประธานฝ่ายสงฆ์สวดเจริญชัยมงคลคาถาโดยใช้เทียนและธูป 9 ดอก นำรองผู้ว่าราชการจังหวัดและหัวหน้าส่วนราชการร่วมสวดขอขมาและใช้น้ำราดลงบนต้นศรีมหาโพธิ์ที่มีเหล็กค้ำยันคลุมด้วยผ้าขาว โดยร่วมกันตั้งจิตอธิษฐานให้ต้นไม้ดังกล่าวฟื้นกลับสู่สภาพเดิม โดยใช้เวลาประมาณ 30 นาที กระทั่งเสร็จสิ้นพิธีการ ทั้งนี้ หลังจากเสร็จสิ้นพิธีมีประชาชนเดินทางขึ้นเขาช่องกระจกเพื่อกราบสักการะต้นศรีมหาโพธิ์ รำลึกถึงพระมหากรุณาธิคุณของในหลวงรัชกาลที่ 9   วันที่ 30 สิงหาคม นายพัลลภ สิงหเสนี ผู้ว่าราชการจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ เปิดเผยว่า ขณะนี้ทำหนังสือด่วนที่สุดถึงสำนักพระราชวังเพื่อกราบบังคมทูลขอพระราชทานอภัยโทษ จากกรณีต้นศรีมหาโพธิ์ทรงปลูกถูกตัดโค่น และจังหวัดไม่ได้รายงานให้หน่วยงานใดที่เกี่ยวข้องรับทราบมาก่อนตามธรรมเนียมปฏิบัติ นอกจากนั้นได้สั่งการให้ทุกหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเร่งเยียวยาฟื้นฟูสภาพต้นศรีมหาโพธิ์ให้กลับคืนสู่สภาพปกติ และจัดทำโครงสร้างเพื่อป้องกันลำต้นได้รับผลกระทบ รวมทั้งสั่งการให้ทุกหน่วยงานตรวจสอบต้นไม้ทรงปลูกในพื้นที่จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ทั้งหมดเพื่อขึ้นทะเบียนและดูแลรักษาให้อยู่สภาพสมบูรณ์สมพระเกียรติ ทั้งนี้จังหวัดจะเร่งดำเนินการทุกด้านเพื่อให้มีผลกระทบเกิดขึ้นน้อยที่สุด ส่วนซากกิ่งไม้ได้สั่งการให้เก็บไว้ในสถานที่ที่สมพระเกียรติแล้ว